Le maître d'ouvrage prend en charge les frais de l'enquête, notamment ceux qui sont entraînés par la mise à la disposition du commissaire enquêteur ou de la commission d'enquête des moyens matériels nécessaires à l'organisation et au déroulement de la procédure d'enquête.
L'indemnisation des commissaires enquêteurs et des membres des commissions d'enquête est assurée par l'Etat.