La présidence est assurée par un magistrat du corps judiciaire mobilisé en qualité d'assimilé spécial du service de la justice militaire.
Le président, les présidents de chambre et leurs suppléants sont désignés par arrêté du ministre de la défense.
Nota
Ordonnance n° 2006-637 du 1er juin 2006 art. 4 : La présente ordonnance entre en vigueur le lendemain de la publication au Journal officiel de la République française du décret en Conseil d'Etat portant partie réglementaire du code de justice militaire. La partie réglementaire a été publiée par le décret n° 2007-759 du 10 mai 2007 dans le Journal officiel du 11 mai 2007.