Les magistrats honoraires exerçant des fonctions juridictionnelles sur le fondement de l'article L. 222-2-1 ou des fonctions d'aide à la décision sur le fondement de l'article L. 222-2-3 perçoivent une indemnité dont le montant, qui peut varier selon la nature des fonctions exercées, et les modalités d'attribution sont fixés par arrêté conjoint du garde des sceaux, ministre de la justice, et du ministre chargé du budget.
Le montant annuel alloué au magistrat honoraire au titre de ces fonctions ne peut excéder 27 000 €.
Ils sont indemnisés de leurs frais de déplacement temporaire dans les conditions prévues par le décret n° 2006-781 du 3 juillet 2006 modifié fixant les conditions et les modalités de règlement des frais occasionnés par les déplacements temporaires des personnels civils de l'Etat.