Le préfet peut confier par voie de convention à un organisme agréé en application de l'article R. 313-16 le soin d'élaborer, avec l'exploitant, le dossier de demande de contrat territorial d'exploitation.
L'instruction des demandes est effectuée sous l'autorité du préfet. Après avoir recueilli l'avis de la commission départementale d'orientation de l'agriculture, celui-ci se prononce sur le projet de contrat territorial d'exploitation, au vu des éléments d'appréciation fournis en application de l'article R. 341-9.