L'Autorité des marchés financiers dispose de l'autonomie financière. Son budget est arrêté par le collège sur proposition du secrétaire général. Les dispositions de la loi du 10 août 1922 relative à l'organisation du contrôle des dépenses engagées ne lui sont pas applicables.
Elle perçoit le produit des taxes établies à l'article L. 621-5-3.
Un décret en Conseil d'Etat fixe le régime indemnitaire de ses membres, son régime comptable et les modalités d'application du présent article.