Réseau ferré de France est soumis en matière de gestion financière et comptable aux règles applicables aux entreprises industrielles et commerciales. Il tient sa comptabilité conformément au plan comptable général. Il dispose de la faculté de transiger et de conclure des conventions d'arbitrage. Il peut créer des filiales ou prendre des participations dans des sociétés, groupements ou organismes ayant un but connexe ou complémentaire à ses missions. Dans le cadre des objectifs du groupe, ces filiales ont une gestion financière autonome ; elles ne peuvent pas recevoir les concours financiers de l'Etat mentionnés à l'article 13.
Réseau ferré de France est soumis au contrôle économique, financier et technique de l'Etat. Un décret en Conseil d'Etat précise les règles de gestion financière, comptable et domaniale qui lui sont applicables, ainsi que les modalités du contrôle de l'Etat.