Le contrat Natura 2000 est conclu entre le préfet et le titulaire de droits réels ou personnels conférant la jouissance des parcelles concernées. Lorsqu'il porte en partie sur des terrains relevant du ministère de la défense, le contrat est contresigné par le commandant de la région terre. Lorsqu'il porte exclusivement sur des terrains relevant du ministère de la défense, le contrat est conclu par le commandant de la région terre et contresigné par le préfet, ce dernier étant chargé de l'exécution des clauses financières du contrat.
Dans le respect du ou des cahiers des charges figurant dans le document d'objectifs mentionné à l'article R. 214-24, il comprend notamment :
1. Le descriptif des opérations à effectuer pour mettre en oeuvre les objectifs de conservation ou, s'il y a lieu, de restauration du site, avec l'indication des travaux et prestations d'entretien ou de restauration des habitats naturels et des espèces et la délimitation des espaces auxquels ils s'appliquent ;
2. Le descriptif des engagements qui, correspondant aux bonnes pratiques identifiées dans le document d'objectifs du site, ne donnent pas lieu à contrepartie financière ;
3. Le descriptif des engagements qui, allant au-delà de ces bonnes pratiques, ouvrent droit à contrepartie financière ;
4. Le montant, la durée et les modalités de versement de l'aide publique accordée en contrepartie des engagements mentionnés au 3 ;
5. Les justificatifs à produire permettant de vérifier le respect des engagements contractuels.

NOTA : Décret 2005-935 du 2 août 2005 art 8 :
Sont abrogées, sauf en tant qu'elles s'appliquent en Nouvelle-Calédonie, en Polynésie française, à Wallis-et-Futuna, dans les Terres australes et antarctiques françaises et à Mayotte, les dispositions énumérées ci-après :
1° Les articles R. 211-1 à R. 223-25 et R. 223-27 à R. 261-11 du code de l'environnement.

Code de l'environnement

Article R*214-29

Nota