Le conservatoire est soumis au régime financier et comptable défini par les articles 14 à 25 du décret du 10 décembre 1953, les articles 151 à 189 du décret du 29 décembre 1962, ainsi que par l'article 60 de la loi du 23 février 1963 relatif à la responsabilité des comptables publics.
L'agent comptable est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la protection de la nature.
Nota
NOTA : Décret 2005-935 du 2 août 2005 art 8 :
Sont abrogées, sauf en tant qu'elles s'appliquent en Nouvelle-Calédonie, en Polynésie française, à Wallis-et-Futuna, dans les Terres australes et antarctiques françaises et à Mayotte, les dispositions énumérées ci-après :
1° Les articles R. 211-1 à R. 223-25 et R. 223-27 à R. 261-11 du code de l'environnement.