Les charges résultant pour la région d'Ile-de-France de l'application de l'article 1er jusqu'à l'entrée en vigueur de l'article 38 de la loi n° 2004-809 du 13 août 2004 relative aux libertés et responsabilités locales donnent lieu à compensation.
A compter de 2006, le montant de cette compensation est égal au double de la contribution versée par la région d'Ile-de-France au titre du premier semestre 2005 au Syndicat des transports d'Ile-de-France.