Le directeur est nommé par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur et du ministre chargé de la santé, sur proposition du conseil d'administration, parmi les enseignants-chercheurs ou personnels assimilés, les enseignants et les chercheurs ou parmi les ingénieurs de l'établissement ayant fait acte de candidature.
Il est nommé pour trois ans. Son mandat est renouvelable une fois.
Nota
Décret 2006-1546 du 7 décembre 2006 art. 32 : Les articles R. 1415-1 à R. 1415-25 ainsi que les articles D. 1415-26 à D. 1415-50 du code de la santé publique sont abrogés à compter de la date de mise en place du ou des instituts de l'école dans les conditions fixées par l'article 15 du présent décret.