L'école est dirigée par un directeur, assisté d'un secrétaire général et d'un directeur des études et de la recherche, et administrée par un conseil d'administration.
Un conseil scientifique est placé auprès du directeur.
Nota
Décret 2006-1546 du 7 décembre 2006 art. 32 : Les articles R. 1415-1 à R. 1415-25 ainsi que les articles D. 1415-26 à D. 1415-50 du code de la santé publique sont abrogés à compter de la date de mise en place du ou des instituts de l'école dans les conditions fixées par l'article 15 du présent décret.