L'établissement est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique à l'exception des 1° et 2° de l'article 175, des articles 178 à 185,204 à 208 et 220 à 228.
Un arrêté du ministre chargé du budget et du ministre de la défense précise les modalités de ce fonctionnement.
Des régies d'avances et de recettes peuvent être instituées conformément au décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avance des organismes publics.
Le contrôle de l'établissement est exercé conformément au décret n° 55-733 du 26 mai 1955 relatif au contrôle économique et financier de l'Etat. Un arrêté du ministre chargé du budget précise les modalités de ce contrôle.

Code de la défense

Article R3421-9