Les opérations de contrôle sont diligentées par le directeur du département des contrôles de l'Agence française de lutte contre le dopage qui peut donner délégation aux agents placés sous son autorité hiérarchique. Les personnes mentionnées à l'article L. 232-11 ayant la qualité de médecin peuvent procéder à des examens médicaux cliniques et à des prélèvements biologiques destinés à mettre en évidence l'usage de procédés prohibés ou à déceler la présence dans l'organisme de substances interdites. Les personnes agréées par l'agence et assermentées peuvent également procéder à ces prélèvements biologiques. Seules les personnes mentionnées à l'article L. 232-11 et qui y sont autorisées par le code de la santé publique peuvent procéder à des prélèvements sanguins.
Les contrôles donnent lieu à l'établissement de procès-verbaux qui sont transmis à l'agence. Un double en est laissé aux parties intéressées.