Le juge d'instruction a le pouvoir, sur réquisitions ou après avis du commissaire du Gouvernement, de mettre en examen tout justiciable des juridictions des forces armées ayant pris part comme auteur ou complice aux faits qui lui sont déférés, ou de modifier la mise en examen lorsque ces faits doivent recevoir une qualification nouvelle emportant une peine plus grave.
Au cas de désaccord entre le juge d'instruction et le commissaire du Gouvernement, ce dernier est tenu de saisir par requête la chambre des investigations et des libertés, qui statue conformément aux dispositions des articles L. 212-177 à L. 212-191, dans le délai de cinq jours, sauf si elle ordonne un supplément d'instruction.
Nota
Ordonnance n° 2006-637 du 1er juin 2006 art. 4 : La présente ordonnance entre en vigueur le lendemain de la publication au Journal officiel de la République française du décret en Conseil d'Etat portant partie réglementaire du code de justice militaire. La partie réglementaire a été publiée par le décret n° 2007-759 du 10 mai 2007 dans le Journal officiel du 11 mai 2007.