L'agence est soumise, pour ce qui la concerne, à la première partie du livre II du code des juridictions financières.
Le comptable de l'agence est un comptable public nommé par le ministre chargé du budget.
Nota
NOTA : L'ordonnance n° 2002-327 du 7 mars 2002 est devenue caduque : le projet de loi de ratification (aux termes de l'article 4 de la loi d'habilitation n° 2001-503 du 12 juin 2001) devait être déposé devant le Parlement au plus tard le 30 juin 2002 ; aucun projet de loi n'a été déposé dans le délai imparti.