Le ministre de la justice dispose d'une compétence d'affectation des condamnés dans toutes les catégories d'établissement. Sa compétence est exclusive pour les affectations dans les maisons centrales et les centres de détention à vocation nationale.
L'affectation des condamnés dans les centres de détention à vocation régionale est décidée par le directeur régional des services pénitentiaires. Celui-ci peut déléguer sa compétence aux directeurs des établissements pénitentiaires comprenant un quartier maison d'arrêt et un quartier centre de détention régional, pour l'affectation des condamnés qui y sont incarcérés et auxquels il reste à subir, au moment où leur condamnation ou la dernière de leurs condamnations est devenue définitive, une incarcération d'une durée inférieure à deux ans.
Les condamnés affectés dans des maisons d'arrêt sont maintenus dans l'établissement où ils sont écroués ou sont transférés dans une autre maison d'arrêt de la région. Dans ce second cas, l'affectation est décidée par le directeur régional des services pénitentiaires en tenant compte notamment de la capacité offerte par chaque établissement.
Dans tous les cas, la décision est prise, sauf urgence, après consultation du juge de l'application des peines.

Code de procédure pénale

Article D80