L'agence est administrée par un conseil d'administration dont le président est un magistrat de l'ordre judiciaire nommé par décret.
Nota
Loi n° 2010-768 du 9 juillet 2010 article 17 : Les dispositions relatives à l'Agence de gestion et de recouvrement des avoirs saisis et confisqués entrent en vigueur à compter de la publication du décret en Conseil d'État prévu à l'article 706-165 du code de procédure pénale (Décret n° 2011-134 du 1er février 2011).