Lorsque la responsabilité finale de l'achat du carburant ou de l'exploitation du navire est assumée par une entité autre que la compagnie maritime en application d'un accord contractuel, celle-ci a le droit de se faire rembourser par cette entité les coûts résultant de la restitution des quotas.
Pour l'application du présent article, on entend par “ exploitation du navire ” le fait de déterminer la cargaison transportée ou la route et la vitesse du navire. La compagnie maritime reste l'entité légalement responsable de la restitution des quotas, en application de l'article L. 229-7 et du I de l'article L. 229-18-4.